吴邦国毕业于清华大学，出生于一个书香门第，祖上是很显赫的。他父亲的曾祖父考取过贡元，开设私塾教书。他的曾祖父担任过河北县丞，后来以教书和行医为生。到了吴邦国祖父这一代，家境十分贫寒，祖父外出谋生，33岁就去世了。吴邦国的父亲刻苦治学，成为地图学界的一代宗师，是正教授，桃李满天下。吴邦国的哥哥是学医的，曾任亚太健康协会副理事长。